在《精灵宝可梦》掌机系列游戏中，除了源于动画和漫画的原始精灵外，还有一些独占的精灵，这些精灵为系列带来了新鲜感和独特的玩法。
盒装精灵
盒装精灵是仅限于特定掌机版本的独占精灵。这些精灵往往与游戏的故事和设定密切相关，例如《黑/白》中的雷希拉姆和捷克罗姆，《X/Y》中的水君、炎帝和雷公，以及《日月》中的索尔迦雷欧和露奈雅拉。
区域形态
区域形态是特定地区特有的精灵变种。它们的外观、属性和技能与原始形态有所不同，反映了它们所在地区的独特环境。例如，《阿罗拉》地区有九尾的冰属性形态，《伽勒尔》地区有化石翼龙的岩石属性形态，《帕底亚》地区有索罗亚克的幽灵属性形态。
融合精灵
融合精灵是通过将两或多个精灵融合而成的特殊精灵。这些精灵拥有融合精灵的属性和技能，并具有独特的造型和能力。例如，《黑2/白2》中的鬼龙是耿鬼和黑龙融合而成的精灵，《究极之日/究极之月》中的猫鼬鹰是猫鼬少和鹰羞融合而成的精灵。
图鉴补完精灵
图鉴补完精灵是游戏中专门用于补足图鉴的精灵。它们通常拥有稀有的属性或技能，并且不易捕捉。收集这些精灵可以完成图鉴，并解锁特殊道具或奖励。例如，《钻石/珍珠》中的波克比，《黑/白》中的玛机雅娜，以及《太阳/月亮》中的美纳斯。
伙伴精灵
伙伴精灵是与主角一同旅行的特殊精灵。它们通常拥有独特的技能和特性，并且与主角有特殊的羁绊。例如，《剑/盾》中的御三家，《阿尔宙斯传说：珍珠/钻石》中的骑行精灵，以及《朱/紫》中的伙伴神奇拉。